公司回购创始人（或者其他股东）持有的股份，是公司股权结构调整中的一种常见交易类型，可能出于创始人主动退出、公司股权激励回购机制的执行、或者其他公司治理和资本运作的需要而发生，从税法角度看，无论具体的交易背景和动因如何，创始人因为让渡其持有的公司股份而取得的回购对价款项，本质上属于财产转让所得的范畴，需要按照个人所得税法关于财产转让所得的相关规定计算缴纳个人所得税。

财产转让所得的应纳税所得额计算，遵循“收入减成本”的基本逻辑，具体到股份回购的场景，创始人取得的应纳税所得额，是公司支付的回购款项（转让收入），减去创始人当初取得这部分股份时实际发生的成本（财产原值，通常是创始人设立公司时的实际出资金额，如果是通过后续增资或者受让其他股东股权取得的部分，则相应按照实际发生的取得成本核算），以及在转让过程中可能发生的合理税费支出（比如可能涉及的评估费用等），计算出的余额，就是应当缴纳个人所得税的应纳税所得额，适用20%的比例税率。

需要注意的是，如果创始人持有的股份成本相对较低（比如是公司设立之初以较低的注册资本认缴出资取得，此后公司经过多轮融资、估值大幅提升），而公司回购的价格是按照公司当前较高的估值水平确定的，这种情况下创始人取得的回购款和其原始成本之间的差额（应纳税所得额）可能相当可观，创始人应当提前预估和规划好这笔股份回购所得对应的个人所得税负担，避免因为对税负估算不足，影响自身的资金规划安排。

建议涉及公司股份回购交易的创始人和公司，在交易前就充分了解和评估这笔交易涉及的个人所得税负担，准确核算创始人的股份原值成本和预计的应纳税所得额，及时按照规定完成相应的个人所得税申报缴纳义务（通常公司作为支付方，可能涉及相应的扣缴义务，具体的扣缴责任和申报流程，建议结合现行有效的税收征管规定和具体交易情况，咨询专业税务顾问确认），确保整个股份回购交易在完成商业目标的同时，也能够合规、妥善地处理相应的税务事项。