联合创始人是公司创业初期核心技术和业务能力的重要贡献者，在联合创始人因为各种原因（理念不合、个人发展规划变化等）中途退出公司的情况下，如何妥善处理其在职期间参与开发形成的代码、技术方案、产品设计等知识产权成果的权属问题，是公司需要高度重视、并且必须通过规范的法律程序妥善处理的重要事项，处理不当，可能给公司留下长期的法律隐患。
从著作权法和专利法关于职务成果的一般原理出发，联合创始人在担任公司员工（或者以类似身份）期间，利用公司的物质技术条件、为完成公司的工作任务而开发形成的代码、技术方案等成果，理论上应当被认定为职务成果，相应的知识产权归属于公司，而不是归属于该联合创始人个人，但即便存在这样的一般法律原则支持，在实际操作中，如果公司没有通过明确的书面协议，对这项权属归属进行专门的确认，仅仅依赖于事后可能产生争议的“职务成果”原则性认定，存在一定的举证和权属确认风险——比如联合创始人可能日后主张，某些核心技术成果，是其在加入公司之前就已经独立开发完成、或者主张相关贡献主要是基于其个人独有的技术积累和贡献，而非纯粹的职务行为，这类争议一旦发生，可能给公司带来不必要的法律纠纷和技术资产权属不清晰的困扰。
为了从根本上避免这类潜在的权属争议风险，强烈建议公司在联合创始人退出的过程中，无论其退出的具体原因和背景如何，都应当通过规范的书面协议（可以是在离职协议中专门增加相应的知识产权确认条款，也可以是单独签订一份知识产权转让确认协议），明确、清晰地确认该联合创始人在职期间参与开发形成的全部代码、技术方案、商业秘密、以及其他相关知识产权成果，完整归属于公司所有，同时要求该联合创始人配合公司，完成可能需要的相关知识产权登记变更手续（比如如果存在以其个人名义登记的专利、软件著作权等，需要配合办理权属变更登记到公司名下）。
建议公司在联合创始人退出的处理流程中，将知识产权权属确认协议的签订，作为整个离职处理程序中不可或缺的核心环节，与离职员工的经济结算、股权处理等事项一并统筹安排，确保这份权属确认协议的内容全面、准确地覆盖该联合创始人在职期间的全部相关贡献成果，必要时委托专业的知识产权律师协助起草和审核相应的协议条款，从制度层面切实保障公司核心技术资产权属的清晰完整性，为公司后续的技术发展、知识产权保护、以及可能面临的融资尽职调查等环节，奠定坚实、无争议的权属基础。