第三类医疗器械是风险程度最高的一类产品，通常需要植入人体、用于支持或维持生命，或者对人体存在潜在危险，例如心脏支架、人工关节、部分体外诊断试剂、避孕器具等。经营这类产品实行许可管理，企业需要向经营场所所在地设区的市级药品监督管理部门提出申请，经审核合格后取得《医疗器械经营许可证》，方可从事相应经营活动，许可证有效期一般为五年。
申请材料主要包括：企业法人营业执照、法定代表人及企业负责人身份证明、组织机构与质量管理机构设置说明、质量管理制度文件、经营场所与仓库的地址证明及平面图、以及与经营范围相适应的质量管理人员和验收养护人员的资质证明。部分地区还会要求提供计算机信息管理系统的说明，用以支持产品进销存和追溯记录。
与第二类备案不同，第三类医疗器械经营许可需要经过实质性审核，药监部门通常会安排工作人员对企业的经营场所、仓储条件是否符合温湿度控制等专业要求进行现场核查，确认企业具备与所经营产品相适应的储存养护能力后，才会作出准予许可的决定。整个流程从受理到发证一般需要一个月左右，具体时长因各地审核节奏而有所差异。
需要注意的是，国家药品监督管理局会定期公布部分风险相对可控的第三类医疗器械品种目录，明确其经营环节可以按备案而非许可管理，企业在判断自身产品是否需要办理许可证时，应当以现行有效的国家药监局分类目录和相关公告为准，不能仅凭产品风险等级简单推定监管方式，建议在申报前向属地药监部门或专业机构核实。
企业在筹备第三类医疗器械经营业务时，建议尽早启动选址和场地改造工作，因为仓储条件（如冷链存储设施、防潮防尘措施）往往是现场核查的重点，场地不达标是导致申请被退回或延期的常见原因。同时，企业应当提前配备符合资质要求的质量管理人员，并建立与所经营品类相匹配的进货查验、销售记录、售后追溯等制度，确保申请材料与实际经营能力相符，减少现场核查环节的整改次数。
医疗器械经营许可证到期前，企业需要按规定向原发证部门申请延续，逾期未办理延续手续的，许可证到期后自动失效，企业需要重新申请，期间不得继续从事第三类医疗器械经营活动。对于在多个城市设有仓储或销售网点的连锁型企业，通常需要按经营场所所在地分别申请许可证，不能仅凭一张许可证覆盖异地经营场所，这也是连锁经营企业在扩张过程中容易忽视的合规细节，建议提前梳理各网点的属地审批要求，统一规划申报节奏。