保健食品在《食品安全法》体系中被归入“特殊食品”范畴，与普通食品、婴幼儿配方食品、特殊医学用途配方食品并列管理。经营保健食品的企业，同样需要在取得营业执照的基础上申请食品经营许可证，并在许可证的经营项目中勾选包含“食品销售（含特殊食品：保健食品）”或类似表述的具体类别，而不是单独存在一张所谓的“保健食品经营许可证”。
从场地和管理要求看，销售保健食品的门店通常需要设立相对独立的专柜或专区进行陈列，将保健食品与普通食品、药品等作区分摆放，便于消费者识别和监管部门核查，同时要求经营者建立进货查验记录制度，留存供货商资质、产品注册或备案证明、检验报告等文件，以保证所售保健食品来源可追溯。
保健食品在生产环节实行注册与备案相结合的管理模式：具有较高风险的保健食品需要向国家市场监督管理总局申请注册，取得保健食品注册证书；风险相对较低、使用较为成熟的保健食品原料生产的产品，则可以按规定进行备案。经营者在采购保健食品时，应当核实产品是否具备合法的注册证书或备案凭证，并留存产品的“蓝帽子”标识等合规凭证，避免采购和销售未经注册备案的产品。
在宣传推广方面，保健食品的广告和标签内容受到严格限制，不得宣称具有疾病预防、治疗功能，也不得使用可能使消费者将保健食品与药品混淆的用语。实践中一些经营者在直播、短视频推广保健食品时容易使用夸大或医疗化的表述，这类做法既违反广告法，也可能触发市场监管部门对食品经营许可事项的重点核查，企业应当在营销文案审核环节专门把关。
对于计划新增保健食品经营业务的企业，建议先确认现有食品经营许可证的经营项目是否已涵盖保健食品类别，如果尚未涵盖，需要及时申请变更许可，补充相应经营项目，并同步完善专区专柜设置和进货查验记录制度，确保经营行为与许可范围、产品合规证明始终保持一致。以线下药店、健康超市为例，这类门店往往同时销售普通食品、保健食品乃至部分医疗器械，企业在申请食品经营许可证时应当逐项核实各类商品是否都已纳入许可证载明的经营项目，尤其是保健食品专区的设置和进货查验台账，是市场监管部门日常检查的重点内容，企业应当安排专人定期自查专区标识和记录台账是否齐全规范。