食品经营许可证的经营项目通常分为“食品销售”和“餐饮服务”两大类别，企业在申请时需要根据自身实际经营内容勾选相应的具体项目。食品销售类下常见的细分项目包括预包装食品销售、散装食品销售，以及涉及特殊食品的“食品销售（含保健食品）”“食品销售（含特殊医学用途配方食品）”“食品销售（含婴幼儿配方乳粉）”等；餐饮服务类下则包括热食类食品制售、冷食类食品制售、生食类食品制售、糕点类食品制售、自制饮品制售、其他类食品制售等。
选择经营项目的核心原则是“实际经营什么，就申请什么”，既不能少报也没有必要多报。少报会导致企业实际开展的部分经营活动缺乏许可依据，构成超范围经营，一旦被检查发现，将面临责令改正、罚款等处罚；而多报不必要的项目，则可能导致企业需要满足更高的场地和设备条件（例如同时申请生食类制售会对场地卫生条件提出更严格要求），增加不必要的整改成本。
对于业务模式较为复合的企业，例如既有堂食餐饮、又同步做外卖和预包装商品零售的餐饮店，需要将各类经营行为对应的项目都纳入许可范围，比如既要有餐饮服务相应细分项目，也要包含预包装食品销售项目，确保收银台旁陈列销售的饮料、零食等预包装商品也在许可覆盖范围内。
企业在业务发展过程中新增经营内容时（例如原本只做堂食的餐厅新增外卖业务、原本只卖预包装食品的便利店新增现制咖啡饮品），应当及时办理经营项目的变更手续，将新增业务补充到许可证中，而不能想当然地认为“证还在有效期内就可以随意扩展经营范围”。经营项目变更通常需要提交新增项目对应的场地条件说明，并可能触发现场核查。
建议企业在筹备阶段就对经营模式做整体规划，包括未来一到两年内可能拓展的业务形态，尽量在首次申请许可证时就统筹考虑相关经营项目，减少因业务调整而反复办理变更手续的频次；同时定期对照实际经营内容自查许可证记载的经营项目是否已经覆盖，发现不一致时尽早申请变更，避免长期处于超范围经营状态而不自知。以一家从传统堂食餐厅逐步拓展至团餐配送、中央厨房集中配送模式的企业为例，其经营项目就需要相应新增“集体用餐配送”等细分类别，并满足更高标准的场地和设备条件，这类业务模式升级往往伴随着许可条件的同步提升，企业应当在业务转型前就提前评估新增经营项目对场地设施的额外要求，避免仓促上线后被检查出条件不达标。