一句话结论：公司章程是公司的"根本大法"——要登记、对外有效、约束公司与全体股东；股东协议是股东之间的合同——灵活、私密、原则上只约束签约方。两者要衔接一致，冲突且涉及对外或公司事务时，一般以章程/登记为准。

一、核心区别

对比公司章程股东协议
性质公司根本文件（组织法）股东间合同（合同法）
登记/公示需登记，可被外部查一般不登记、私密
约束对象公司 + 全体股东（含新进股东）仅签约股东
灵活性受《公司法》强制性规定限制较灵活（不得违法）

二、什么放章程、什么放协议

①涉及对外效力、公司治理框架、股权/表决/分配的基本规则 → 尽量写进章程；②投资条款、对赌、回购、退出、创始人锁定、竞业等商业安排 → 常放股东/投资协议（更灵活私密）。重要安排建议章程与协议对应衔接，防止冲突。

三、冲突怎么办

涉及公司组织、对第三人的，以章程（及登记）为准；纯股东内部、不违反强制规定的约定，按协议处理股东间责任。关键条款务必两头一致（相关：治理结构、回购条款）。

法规依据：新《公司法》（2023年修订，2024-07-01施行）。
本文更新于 2026-09-06，以官方最新规定为准。章程与股东协议一体化设计，可咨询光年财税研究院。