公司如果长期零申报却持续存在银行流水、开票记录或经营异常迹象，很容易被税务系统预警识别为风险纳税人，进而触发约谈、实地核查甚至列入非正常户，建议尽快评估零申报的真实性并及时调整。
零申报本身在企业确实没有收入的情况下是合规的申报方式，并不违规，很多处于筹备期、暂停经营或业务转型期的企业都会经历一段零申报的阶段。但税务机关的风险预警系统会比对企业的开票记录、银行流水、社保缴纳人数等多维数据，一旦发现企业长期零申报但仍有对公流水进出、员工社保缴纳或其他经营痕迹，就会被判定为「零申报异常」，触发约谈或实地核查。
长期（通常连续数月以上）零申报且无法提供合理经营解释的企业，还可能被认定为非正常户，进而影响法定代表人和股东后续注册其他公司、办理银行开户等事项，影响范围比很多企业主想象的更广，甚至会波及到与该企业毫不相关的其他新设公司的开办进度。
建议企业先如实评估自己是否真的没有收入，避免为了图省事而虚假零申报，这种做法看似省了眼前的麻烦，实际上是在为将来埋下更大的风险隐患。如果确实处于筹备期或暂停经营状态，建议保留好相关证明材料（比如无业务合同、无进出流水记录），以备核查时说明情况。
对于因为业务调整、暂时没有收入而选择零申报的企业，也建议定期（比如每季度）自查一下对公账户的流水情况，确保零申报的口径和实际经营状况保持一致，避免因为一笔无意间的进账而让此前的零申报记录出现矛盾。
一旦收到税务预警或约谈通知，第一时间配合说明情况，不要拖延或置之不理，避免小问题演变成非正常户认定这样的大麻烦。总体来说，与其事后应对预警，不如平时就保持记账和申报的规范性，这样即使被抽查也能从容应对，不至于因为说不清楚而陷入被动局面。
还建议企业主定期检查自己名下所有关联公司的申报状态，很多创业者手上不止一家公司，容易疏忽管理某个不再实际经营的壳公司，长期零申报又没人跟进，等回过神来才发现已经被列入了非正常户名单，处理起来比及时清理要麻烦得多。