EDI许可证作为增值电信业务经营许可证的一个子类，同样需要遵循增值电信业务经营者的年度报告制度。持证企业需要在每年规定的时间窗口内，通过工信部政务服务平台提交年度报告，如实反映平台上一年度的实际经营情况、交易规模变化、网络与信息安全保障措施的执行情况等内容。
由于EDI业务涉及第三方商家交易撮合，年报中通常还需要体现平台商家入驻数量、交易规则是否发生调整、支付结算方式是否发生变化等与交易撮合业务直接相关的信息，这部分内容比单纯的信息服务类年报更为细致，企业在填报前建议提前梳理好平台运营数据。
EDI许可证的有效期同样为五年，到期前企业需要向原审批机关提交续期申请，材料要求与ICP许可证续期类似，包括续展申请书、原许可证正副本、历年年报完成情况说明、企业最新工商信息、是否存在违法违规记录说明等，同时需要重点说明平台在持证期间的交易撮合业务是否持续合规运营。
如果企业在持证期间因业务调整，交易撮合的商业模式发生了较大变化（比如从平台自主撮合调整为引入更多外部合作方、支付结算方式发生重大变更），建议在续期申请中一并说明，必要时同步办理相应的业务范围或经营方式变更手续，确保续期后的许可证信息与平台实际运营模式保持一致。
考虑到EDI业务本身的复杂度较高，年报和续期涉及的材料内容也相对更细致，建议持证企业指定专人或委托代理机构长期跟踪年报时间窗口和许可证到期时间，建立一份包含年报节点、续期节点在内的合规日历，避免因内部流程疏漏导致逾期未年报或逾期未续期，影响平台的正常持续经营。
对于同时持有ICP经营许可证和EDI许可证的企业（比如平台既有付费内容板块又有第三方商家交易板块），需要特别注意两张证的年报和续期时间可能并不完全一致，企业不能想当然地认为完成了其中一项的年报或续期就自动覆盖了另一项，而应当分别核实两张证各自的到期时间和年报周期，建立独立的跟踪台账，避免因为「以为已经处理过了」的错觉而遗漏其中一项的合规义务。
对于经历过股权融资或架构调整的平台企业，还需要留意持证主体是否发生过变化，比如平台业务从初创主体转移到新设的运营主体后，原许可证是否需要办理主体变更或重新申请，这类问题往往在企业融资或并购交易的尽调阶段才被发现，届时补救的时间和资源成本都会显著高于日常合规管理阶段的预防性投入，建议企业在架构调整前就同步评估对现有电信业务资质的影响，提前规划好证照的过渡安排。