企业在不同省份、直辖市等跨地区范围内设立分支机构（比如总公司在A市，分公司设立在跨省的B市），这种跨地区经营模式下，企业所得税的缴纳，如果完全由总公司所在地统一缴纳，可能导致分公司实际经营所在地的地方财政，无法从企业创造的经济价值中获得相应的税收分享，为了平衡这种跨地区经营涉及的地方财政利益分配问题，国家专门制定了跨地区经营汇总纳税企业的所得税征收管理办法。
这套征管办法确立的核心原则，是“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”，具体而言，企业（总机构）需要统一计算包括所有跨地区分支机构在内的整个企业的应纳税所得额和企业所得税应纳税总额，这体现了企业所得税作为法人所得税、应当以企业法人整体为纳税义务主体的基本原理；在此基础上，符合条件的跨省（自治区、直辖市、计划单列市）设立的分支机构，需要按照统一确定的分摊比例和分摊方法（通常综合考虑分支机构的营业收入、职工薪酬、资产总额等因素确定分摊比例），在分支机构所在地就地预缴部分企业所得税，将相应的税收利益，分享给分支机构实际经营所在地的地方财政。
在总机构统一计算出整个企业的应纳税总额后，扣除各个分支机构已经根据分摊比例，在当地就地预缴的税款部分，剩余的税款余额，由总机构所在地进行统一的汇总清算处理（多退少补），这套机制设计，既通过“就地预缴”的方式，保障了分支机构所在地地方财政能够合理分享企业经营活动创造的税收利益，也通过“统一计算、汇总清算”的方式，维持了企业整体纳税义务计算的统一性和规范性，避免因为跨地区经营而产生税收征管的混乱或者重复征税、漏征等问题。
建议存在跨省级行政区域设立分支机构的企业，准确了解和掌握跨地区经营汇总纳税的具体征管规则和分摊计算方法，按照规定，分别在总机构和各分支机构所在地，履行相应的就地预缴和汇总清算纳税申报义务，必要时委托专业的财税顾问，协助进行准确的分摊比例计算和规范的申报操作，确保企业整体的跨地区经营所得税缴纳，全面符合现行有效的征管规定要求，同时也应当关注不同地区可能存在的具体操作细节差异，及时与总分支机构所在地的主管税务机关做好沟通协调。