企业在实际经营中，由于各种原因（比如内部流程疏漏、双方结算周期约定等），可能存在部分已经实际发生的业务交易，当时没有及时向购买方开具相应发票的情况，随着时间推移，企业或者购买方可能因为财务对账、成本列支核实等需要，希望能够补开相应的发票，这种补开发票的操作，在现行发票管理制度下总体上是被允许的，但企业需要注意几个关键的合规要点。
首先需要明确的是，增值税等税种的纳税义务发生时间，是按照税法规定的具体标准确定的（比如销售货物的，纳税义务发生时间通常是收讫销售款或者取得索取销售款凭据的当天），这个纳税义务发生时间，跟企业实际开具发票的时间，在法律和税务处理逻辑上是两个不同的概念——企业即便当时没有及时开具发票，其纳税义务已经按照法定标准在相应期间发生，企业理论上应当已经就该笔交易，在相应的纳税申报期内，履行了纳税申报和缴纳义务，不能以“当时没开票”为由，延迟或者遗漏相应期间的纳税申报。
如果企业确实存在纳税义务已经发生、但当时既没有开票也没有申报纳税的情况（这种情形本身已经构成了纳税申报方面的不合规），企业应当及时进行更正申报，补缴相应期间应缴未缴的税款（可能还涉及相应的滞纳金），同时向购买方补开相应的发票，确保票据流最终能够跟实际的业务交易和资金流相互匹配印证；如果企业当时已经就该笔交易正常申报缴纳了相应税款（只是单纯因为流程疏漏未能及时开票给购买方），则相对简单，企业可以按照规范流程，直接向购买方补开相应的发票即可，不需要涉及补缴税款的问题。
建议企业发现存在历史业务未及时开票的情况后，尽快按照上述逻辑，核实该笔业务当时是否已经完成相应的纳税申报，并及时采取相应的补救措施（补缴税款或者单纯补开发票），同时建立更加规范的开票管理流程，避免出现业务发生和开票环节脱节、拖延的情况，如果对具体某笔历史业务的补开发票和相应的税务处理存在疑问，建议及时咨询主管税务机关或者专业税务顾问，妥善处理相应的合规事项，避免因为拖延处理，导致问题进一步复杂化或者产生额外的税务合规风险。