企业能否合法从事生产经营活动，核心依据是企业依法取得的营业执照，以及所属行业如果涉及前置审批要求的相应行业资质许可证，厂房产权证本质上是对该不动产权属归属关系的法律确认文件，与企业能否合法经营是两个不同层面的问题，即便厂房产权证尚未办理完成，只要企业已经合法取得营业执照并完成必要的行业资质审批，通常仍然可以在该厂房内正常开展生产经营活动。

但厂房产权证长期缺失，会给企业带来一系列间接的经营风险和不便：一是企业无法以该厂房作为合法有效的抵押物向金融机构申请抵押贷款融资，这在企业需要扩大生产规模、进行设备更新改造等场景下，可能限制企业的融资渠道；二是企业对该厂房的实际权属关系，在法律上缺乏权威的产权证明文件支持，一旦涉及厂房权属纠纷（比如开发商或者原业主的其他债权人主张权利），企业的合法权益可能面临一定的法律风险。

此外，部分行业资质审批、政府专项资金申报等事项，可能要求企业提交经营场所的产权证明材料作为申报条件之一，如果企业厂房产权证长期未能办理完成，可能导致这类需要产权证明的具体事项办理受阻或者延迟，间接影响企业的经营发展进度。

建议企业厂房产权证长期未能办理下来的，应当积极了解具体的办理进度和影响因素（比如是开发商证件不齐全导致的整体延误，还是企业自身材料存在问题），必要时联合同一项目的其他业主一起向相关部门反映诉求、督促加快办理进度，或者咨询专业律师评估是否需要通过法律途径维护自身合法权益，避免长期让企业的核心生产经营场所处于产权不清晰的状态。