研发费用加计扣除采用自行判别、申报享受、相关资料留存备查的管理方式，这意味着企业在年度汇算清缴时可以自行计算享受加计扣除优惠，但需要承担相应的留存备查责任，一旦税务机关后续核查，企业需要能够提供充分的证明材料，材料不齐全或者无法证明研发活动真实性，可能面临加计扣除资格被追溯取消、补缴税款并加收滞纳金的风险。

立项类材料包括企业内部研发项目的立项决议文件、研发计划书或者任务书，用以证明该项目确实是作为研发活动进行管理和执行的；人员类材料包括参与研发项目的人员名单、以及这些人员在研发项目上的工时分配记录（尤其是同时参与研发和非研发工作的人员，需要有合理的工时分摊依据）。

费用类材料是备查资料的核心，企业需要按照研发项目单独设置研发费用辅助账，把人员人工、直接投入、折旧费用、无形资产摊销、其他相关费用等按规定的加计扣除口径分别归集，形成研发费用辅助账汇总表，这也是很多企业容易在日常账务处理中忽视、等到汇算清缴或者税务检查时才发现材料不齐全的环节。

除了立项、人员、费用材料，部分行业或者特定研发活动可能还需要提供能够证明研发成果或研发过程的辅助材料（比如阶段性研发报告、专利申请材料、产品测试记录等），建议企业从研发项目立项之初就同步规划好资料留存机制，而不是等到年度汇算清缴或者税务核查时才临时补充整理，避免因为材料缺失影响加计扣除优惠的享受。