股权转让个人所得税的常规计税方式，是以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额作为应纳税所得额，按规定税率（现行政策通常为20%）计算缴纳，这是查账征收的基本逻辑，前提是转让双方能够提供真实、完整的股权原值和转让收入的计税依据。

税务机关采取核定征收的情形，通常包括：申报的股权转让收入明显低于股权对应的净资产份额等参考标准、且纳税人无法说明合理原因；转让双方存在关联关系且转让价格明显不符合独立交易原则；被转让企业无法向税务机关提供完整、准确的计税依据材料等情形，这些情形下，为了防止通过人为压低转让价格规避纳税，税务机关有权按规定的方法核定股权转让收入。

需要澄清的是，核定征收不是纳税人可以主动选择的一种更划算的征收方式，而是税务机关在特定情形下依法采取的一种确定应纳税所得额的手段，核定的结果不一定比查账征收更有利于纳税人，具体是否触发核定征收、核定的具体金额，都是税务机关根据实际情况依法认定的，纳税人不能自行判断走核定征收更省税就刻意制造适用核定征收的情形。

对于存在真实、合理商业目的的股权转让（比如企业内部股权结构调整、确有正当理由的低价转让），如果转让价格明显偏离市场公允价值，建议提前准备好能够证明价格合理性的材料（比如企业经营状况说明、资产评估报告等），主动跟主管税务机关沟通，而不是等被税务机关认定为价格明显偏低、启动核定征收程序后再被动应对。